Principles of regulatory information conservation between mouse and human

Principles of regulatory information conservation between mouse and human

To broaden our understanding of the evolution of gene regulation mechanisms, we generated occupancy profiles for 34 orthologous transcription factors (TFs) in human–mouse erythroid progenitor, lymphoblast and embryonic stem-cell lines. By combining the genome-wide transcription factor occupancy repe...

תיאור מלא

שמור ב:

מידע ביבליוגרפי
Main Authors:	Yong Cheng, Zhihai Ma, Bong Hyun Kim, Wei-Sheng Wu, Philip Cayting, Alan P. Boyle, Vasavi Sundaram, Xiaoyun Xing, Nergiz Doğan, Jingjing Li, Ghia Euskirchen, Shin Lin, Yiing Lin, Axel Visel, Trupti Kawli, Xinqiong Yang, Dorrelyn Patacsil, Cheryl A. Keller, Belinda Giardine, Anshul Kundaje, Ting Wang, L Pennacchio, Zhiping Weng, Ross C. Hardison, M Snyder
פורמט:	Artigo
שפה:	אנגלית
יצא לאור:	2014
גישה מקוונת:	https://doi.org/10.1038/nature13985 https://www.nature.com/articles/nature13985.pdf
תגים:	הוספת תג אין תגיות, היה/י הראשונ/ה לתייג את הרשומה!

פריטים דומים

Principles of regulatory information conservation between mouse and human
מאת: Cheng, Yong, et al.
יצא לאור: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
מאת: Kanai, Takahiro, et al.
יצא לאור: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
מאת: Takahiro Kanai, et al.
יצא לאור: (2014)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
מאת: Dogan, Nergiz, et al.
יצא לאור: (2015)

It takes nerves to fight infections: insights on neuro-immune interactions from C. elegans
מאת: Kawli, Trupti, et al.
יצא לאור: (2010)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in Caenorhabditis elegans
מאת: Kawli, Trupti, et al.
יצא לאור: (2010)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
מאת: Eric Evans, et al.
יצא לאור: (2008)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in <i>Caenorhabditis elegans</i>
מאת: Trupti Kawli, et al.
יצא לאור: (2010)

Widespread contribution of transposable elements to the innovation of gene regulatory networks
מאת: Sundaram, Vasavi, et al.
יצא לאור: (2014)

Nnf1p, Dsn1p, Mtw1p, and Nsl1p: a New Group of Proteins Important for Chromosome Segregation in Saccharomyces cerevisiae
מאת: Euskirchen, Ghia M.
יצא לאור: (2002)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
מאת: Michael M. Hoffman, et al.
יצא לאור: (2012)

FM-test: a fuzzy-set-theory-based approach to differential gene expression data analysis
מאת: Liang, Lily R, et al.
יצא לאור: (2006)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
מאת: Xiang, Guanjue, et al.
יצא לאור: (2020)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
מאת: Guanjue Xiang, et al.
יצא לאור: (2020)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
מאת: Nergiz Doğan, et al.
יצא לאור: (2015)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
מאת: Hoffman, Michael M., et al.
יצא לאור: (2013)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
מאת: Evans, Eric A., et al.
יצא לאור: (2008)

S3V2-IDEAS: a package for normalizing, denoising and integrating epigenomic datasets across different cell types
מאת: Xiang, Guanjue, et al.
יצא לאור: (2021)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
מאת: Kelley, Joanna L., et al.
יצא לאור: (2016)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
מאת: Joanna L. Kelley, et al.
יצא לאור: (2016)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
מאת: Cochran, Kelly, et al.
יצא לאור: (2022)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
מאת: Kelly Cochran, et al.
יצא לאור: (2022)

Pleiotropic Roles of a Ribosomal Protein in Dictyostelium discoideum
מאת: Amarnath, Smita, et al.
יצא לאור: (2012)

Limits of sequence and functional conservation
מאת: Pennacchio, Len A., et al.
יצא לאור: (2010)

GALA, a Database for Genomic Sequence Alignments and Annotations
מאת: Giardine, Belinda, et al.
יצא לאור: (2003)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
מאת: Li, Jingjing, et al.
יצא לאור: (2014)

TNFAIP8 promotes prostate cancer cell survival by inducing autophagy
מאת: Niture, Suryakant, et al.
יצא לאור: (2018)

Enhancer identification through comparative genomics
מאת: Axel Visel, et al.
יצא לאור: (2007)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
מאת: Euskirchen, Ghia, et al.
יצא לאור: (2012)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
מאת: Ghia Euskirchen, et al.
יצא לאור: (2012)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
מאת: Jingjing Li, et al.
יצא לאור: (2014)

Transposable element mediated innovation in gene regulatory landscapes of cells: Re-visiting the ‘gene-battery’ model
מאת: Sundaram, Vasavi, et al.
יצא לאור: (2017)

Transposable elements as a potent source of diverse cis-regulatory sequences in mammalian genomes
מאת: Sundaram, Vasavi, et al.
יצא לאור: (2020)

ChIP-ping the branches of the tree: functional genomics and the evolution of eukaryotic gene regulation
מאת: Marinov, Georgi K, et al.
יצא לאור: (2018)

Regulatory analysis of the C. elegans genome with spatiotemporal resolution
מאת: Carlos L. Araya, et al.
יצא לאור: (2014)

Enhancer Identification through Comparative Genomics
מאת: Visel, Axel, et al.
יצא לאור: (2007)

Genomic views of distant-acting enhancers
מאת: Axel Visel, et al.
יצא לאור: (2009)

Transcriptional Burst Initiation and Polymerase Pause Release Are Key Control Points of Transcriptional Regulation
מאת: Caroline Bartman, et al.
יצא לאור: (2018)

Dynamic Trans-Acting Factor Co-localization in Human Cells
מאת: Xie, Dan, et al.
יצא לאור: (2013)

Systematic evaluation of the impact of ChIP-seq read designs on genome coverage, peak identification, and allele-specific binding detection
מאת: Zhang, Qi, et al.
יצא לאור: (2016)