Principles of regulatory information conservation between mouse and human

Principles of regulatory information conservation between mouse and human

To broaden our understanding of the evolution of gene regulation mechanisms, we generated occupancy profiles for 34 orthologous transcription factors (TFs) in human–mouse erythroid progenitor, lymphoblast and embryonic stem-cell lines. By combining the genome-wide transcription factor occupancy repe...

Mô tả đầy đủ

Đã lưu trong:

Chi tiết về thư mục
Những tác giả chính:	Yong Cheng, Zhihai Ma, Bong Hyun Kim, Wei-Sheng Wu, Philip Cayting, Alan P. Boyle, Vasavi Sundaram, Xiaoyun Xing, Nergiz Doğan, Jingjing Li, Ghia Euskirchen, Shin Lin, Yiing Lin, Axel Visel, Trupti Kawli, Xinqiong Yang, Dorrelyn Patacsil, Cheryl A. Keller, Belinda Giardine, Anshul Kundaje, Ting Wang, L Pennacchio, Zhiping Weng, Ross C. Hardison, M Snyder
Định dạng:	Artigo
Ngôn ngữ:	Tiếng Anh
Được phát hành:	2014
Truy cập trực tuyến:	https://doi.org/10.1038/nature13985 https://www.nature.com/articles/nature13985.pdf
Các nhãn:	Thêm thẻ Không có thẻ, Là người đầu tiên thẻ bản ghi này!

Những quyển sách tương tự

Principles of regulatory information conservation between mouse and human
Bằng: Cheng, Yong, et al.
Được phát hành: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
Bằng: Kanai, Takahiro, et al.
Được phát hành: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
Bằng: Takahiro Kanai, et al.
Được phát hành: (2014)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
Bằng: Dogan, Nergiz, et al.
Được phát hành: (2015)

It takes nerves to fight infections: insights on neuro-immune interactions from C. elegans
Bằng: Kawli, Trupti, et al.
Được phát hành: (2010)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in Caenorhabditis elegans
Bằng: Kawli, Trupti, et al.
Được phát hành: (2010)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
Bằng: Eric Evans, et al.
Được phát hành: (2008)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in <i>Caenorhabditis elegans</i>
Bằng: Trupti Kawli, et al.
Được phát hành: (2010)

Widespread contribution of transposable elements to the innovation of gene regulatory networks
Bằng: Sundaram, Vasavi, et al.
Được phát hành: (2014)

Nnf1p, Dsn1p, Mtw1p, and Nsl1p: a New Group of Proteins Important for Chromosome Segregation in Saccharomyces cerevisiae
Bằng: Euskirchen, Ghia M.
Được phát hành: (2002)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
Bằng: Michael M. Hoffman, et al.
Được phát hành: (2012)

FM-test: a fuzzy-set-theory-based approach to differential gene expression data analysis
Bằng: Liang, Lily R, et al.
Được phát hành: (2006)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
Bằng: Xiang, Guanjue, et al.
Được phát hành: (2020)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
Bằng: Guanjue Xiang, et al.
Được phát hành: (2020)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
Bằng: Nergiz Doğan, et al.
Được phát hành: (2015)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
Bằng: Hoffman, Michael M., et al.
Được phát hành: (2013)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
Bằng: Evans, Eric A., et al.
Được phát hành: (2008)

S3V2-IDEAS: a package for normalizing, denoising and integrating epigenomic datasets across different cell types
Bằng: Xiang, Guanjue, et al.
Được phát hành: (2021)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
Bằng: Kelley, Joanna L., et al.
Được phát hành: (2016)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
Bằng: Joanna L. Kelley, et al.
Được phát hành: (2016)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
Bằng: Cochran, Kelly, et al.
Được phát hành: (2022)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
Bằng: Kelly Cochran, et al.
Được phát hành: (2022)

Pleiotropic Roles of a Ribosomal Protein in Dictyostelium discoideum
Bằng: Amarnath, Smita, et al.
Được phát hành: (2012)

Limits of sequence and functional conservation
Bằng: Pennacchio, Len A., et al.
Được phát hành: (2010)

GALA, a Database for Genomic Sequence Alignments and Annotations
Bằng: Giardine, Belinda, et al.
Được phát hành: (2003)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
Bằng: Li, Jingjing, et al.
Được phát hành: (2014)

TNFAIP8 promotes prostate cancer cell survival by inducing autophagy
Bằng: Niture, Suryakant, et al.
Được phát hành: (2018)

Enhancer identification through comparative genomics
Bằng: Axel Visel, et al.
Được phát hành: (2007)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
Bằng: Euskirchen, Ghia, et al.
Được phát hành: (2012)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
Bằng: Ghia Euskirchen, et al.
Được phát hành: (2012)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
Bằng: Jingjing Li, et al.
Được phát hành: (2014)

Transposable element mediated innovation in gene regulatory landscapes of cells: Re-visiting the ‘gene-battery’ model
Bằng: Sundaram, Vasavi, et al.
Được phát hành: (2017)

Transposable elements as a potent source of diverse cis-regulatory sequences in mammalian genomes
Bằng: Sundaram, Vasavi, et al.
Được phát hành: (2020)

ChIP-ping the branches of the tree: functional genomics and the evolution of eukaryotic gene regulation
Bằng: Marinov, Georgi K, et al.
Được phát hành: (2018)

Regulatory analysis of the C. elegans genome with spatiotemporal resolution
Bằng: Carlos L. Araya, et al.
Được phát hành: (2014)

Enhancer Identification through Comparative Genomics
Bằng: Visel, Axel, et al.
Được phát hành: (2007)

Genomic views of distant-acting enhancers
Bằng: Axel Visel, et al.
Được phát hành: (2009)

Transcriptional Burst Initiation and Polymerase Pause Release Are Key Control Points of Transcriptional Regulation
Bằng: Caroline Bartman, et al.
Được phát hành: (2018)

Dynamic Trans-Acting Factor Co-localization in Human Cells
Bằng: Xie, Dan, et al.
Được phát hành: (2013)

Systematic evaluation of the impact of ChIP-seq read designs on genome coverage, peak identification, and allele-specific binding detection
Bằng: Zhang, Qi, et al.
Được phát hành: (2016)