Principles of regulatory information conservation between mouse and human

Principles of regulatory information conservation between mouse and human

To broaden our understanding of the evolution of gene regulation mechanisms, we generated occupancy profiles for 34 orthologous transcription factors (TFs) in human–mouse erythroid progenitor, lymphoblast and embryonic stem-cell lines. By combining the genome-wide transcription factor occupancy repe...

Повний опис

Збережено в:

Бібліографічні деталі
Автори:	Yong Cheng, Zhihai Ma, Bong Hyun Kim, Wei-Sheng Wu, Philip Cayting, Alan P. Boyle, Vasavi Sundaram, Xiaoyun Xing, Nergiz Doğan, Jingjing Li, Ghia Euskirchen, Shin Lin, Yiing Lin, Axel Visel, Trupti Kawli, Xinqiong Yang, Dorrelyn Patacsil, Cheryl A. Keller, Belinda Giardine, Anshul Kundaje, Ting Wang, L Pennacchio, Zhiping Weng, Ross C. Hardison, M Snyder
Формат:	Artigo
Мова:	Англійська
Опубліковано:	2014
Онлайн доступ:	https://doi.org/10.1038/nature13985 https://www.nature.com/articles/nature13985.pdf
Теги:	Додати тег Немає тегів, Будьте першим, хто поставить тег для цього запису!

Схожі ресурси

Principles of regulatory information conservation between mouse and human
за авторством: Cheng, Yong, та інші
Опубліковано: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
за авторством: Kanai, Takahiro, та інші
Опубліковано: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
за авторством: Takahiro Kanai, та інші
Опубліковано: (2014)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
за авторством: Dogan, Nergiz, та інші
Опубліковано: (2015)

It takes nerves to fight infections: insights on neuro-immune interactions from C. elegans
за авторством: Kawli, Trupti, та інші
Опубліковано: (2010)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in Caenorhabditis elegans
за авторством: Kawli, Trupti, та інші
Опубліковано: (2010)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
за авторством: Eric Evans, та інші
Опубліковано: (2008)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in <i>Caenorhabditis elegans</i>
за авторством: Trupti Kawli, та інші
Опубліковано: (2010)

Widespread contribution of transposable elements to the innovation of gene regulatory networks
за авторством: Sundaram, Vasavi, та інші
Опубліковано: (2014)

Nnf1p, Dsn1p, Mtw1p, and Nsl1p: a New Group of Proteins Important for Chromosome Segregation in Saccharomyces cerevisiae
за авторством: Euskirchen, Ghia M.
Опубліковано: (2002)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
за авторством: Michael M. Hoffman, та інші
Опубліковано: (2012)

FM-test: a fuzzy-set-theory-based approach to differential gene expression data analysis
за авторством: Liang, Lily R, та інші
Опубліковано: (2006)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
за авторством: Xiang, Guanjue, та інші
Опубліковано: (2020)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
за авторством: Guanjue Xiang, та інші
Опубліковано: (2020)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
за авторством: Nergiz Doğan, та інші
Опубліковано: (2015)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
за авторством: Hoffman, Michael M., та інші
Опубліковано: (2013)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
за авторством: Evans, Eric A., та інші
Опубліковано: (2008)

S3V2-IDEAS: a package for normalizing, denoising and integrating epigenomic datasets across different cell types
за авторством: Xiang, Guanjue, та інші
Опубліковано: (2021)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
за авторством: Kelley, Joanna L., та інші
Опубліковано: (2016)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
за авторством: Joanna L. Kelley, та інші
Опубліковано: (2016)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
за авторством: Cochran, Kelly, та інші
Опубліковано: (2022)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
за авторством: Kelly Cochran, та інші
Опубліковано: (2022)

Pleiotropic Roles of a Ribosomal Protein in Dictyostelium discoideum
за авторством: Amarnath, Smita, та інші
Опубліковано: (2012)

Limits of sequence and functional conservation
за авторством: Pennacchio, Len A., та інші
Опубліковано: (2010)

GALA, a Database for Genomic Sequence Alignments and Annotations
за авторством: Giardine, Belinda, та інші
Опубліковано: (2003)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
за авторством: Li, Jingjing, та інші
Опубліковано: (2014)

TNFAIP8 promotes prostate cancer cell survival by inducing autophagy
за авторством: Niture, Suryakant, та інші
Опубліковано: (2018)

Enhancer identification through comparative genomics
за авторством: Axel Visel, та інші
Опубліковано: (2007)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
за авторством: Euskirchen, Ghia, та інші
Опубліковано: (2012)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
за авторством: Ghia Euskirchen, та інші
Опубліковано: (2012)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
за авторством: Jingjing Li, та інші
Опубліковано: (2014)

Transposable element mediated innovation in gene regulatory landscapes of cells: Re-visiting the ‘gene-battery’ model
за авторством: Sundaram, Vasavi, та інші
Опубліковано: (2017)

Transposable elements as a potent source of diverse cis-regulatory sequences in mammalian genomes
за авторством: Sundaram, Vasavi, та інші
Опубліковано: (2020)

ChIP-ping the branches of the tree: functional genomics and the evolution of eukaryotic gene regulation
за авторством: Marinov, Georgi K, та інші
Опубліковано: (2018)

Regulatory analysis of the C. elegans genome with spatiotemporal resolution
за авторством: Carlos L. Araya, та інші
Опубліковано: (2014)

Enhancer Identification through Comparative Genomics
за авторством: Visel, Axel, та інші
Опубліковано: (2007)

Genomic views of distant-acting enhancers
за авторством: Axel Visel, та інші
Опубліковано: (2009)

Transcriptional Burst Initiation and Polymerase Pause Release Are Key Control Points of Transcriptional Regulation
за авторством: Caroline Bartman, та інші
Опубліковано: (2018)

Dynamic Trans-Acting Factor Co-localization in Human Cells
за авторством: Xie, Dan, та інші
Опубліковано: (2013)

Systematic evaluation of the impact of ChIP-seq read designs on genome coverage, peak identification, and allele-specific binding detection
за авторством: Zhang, Qi, та інші
Опубліковано: (2016)