Principles of regulatory information conservation between mouse and human

Principles of regulatory information conservation between mouse and human

To broaden our understanding of the evolution of gene regulation mechanisms, we generated occupancy profiles for 34 orthologous transcription factors (TFs) in human–mouse erythroid progenitor, lymphoblast and embryonic stem-cell lines. By combining the genome-wide transcription factor occupancy repe...

Ամբողջական նկարագրություն

Պահպանված է:

Մատենագիտական մանրամասներ
Հիմնական հեղինակներ:	Yong Cheng, Zhihai Ma, Bong Hyun Kim, Wei-Sheng Wu, Philip Cayting, Alan P. Boyle, Vasavi Sundaram, Xiaoyun Xing, Nergiz Doğan, Jingjing Li, Ghia Euskirchen, Shin Lin, Yiing Lin, Axel Visel, Trupti Kawli, Xinqiong Yang, Dorrelyn Patacsil, Cheryl A. Keller, Belinda Giardine, Anshul Kundaje, Ting Wang, L Pennacchio, Zhiping Weng, Ross C. Hardison, M Snyder
Ձևաչափ:	Artigo
Լեզու:	անգլերեն
Հրապարակվել է:	2014
Առցանց հասանելիություն:	https://doi.org/10.1038/nature13985 https://www.nature.com/articles/nature13985.pdf
Ցուցիչներ:	Ավելացրեք ցուցիչ Չկան պիտակներ, Եղեք առաջինը, ով նշում է այս գրառումը!

Նմանատիպ նյութեր

Principles of regulatory information conservation between mouse and human
‌: Cheng, Yong, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
‌: Kanai, Takahiro, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Identification of STAT5A and STAT5B Target Genes in Human T Cells
‌: Takahiro Kanai, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
‌: Dogan, Nergiz, և այլն
Հրապարակվել է: (2015)

It takes nerves to fight infections: insights on neuro-immune interactions from C. elegans
‌: Kawli, Trupti, և այլն
Հրապարակվել է: (2010)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in Caenorhabditis elegans
‌: Kawli, Trupti, և այլն
Հրապարակվել է: (2010)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
‌: Eric Evans, և այլն
Հրապարակվել է: (2008)

Systemic and cell intrinsic roles of Gqα signaling in the regulation of innate immunity, oxidative stress, and longevity in <i>Caenorhabditis elegans</i>
‌: Trupti Kawli, և այլն
Հրապարակվել է: (2010)

Widespread contribution of transposable elements to the innovation of gene regulatory networks
‌: Sundaram, Vasavi, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Nnf1p, Dsn1p, Mtw1p, and Nsl1p: a New Group of Proteins Important for Chromosome Segregation in Saccharomyces cerevisiae
‌: Euskirchen, Ghia M.
Հրապարակվել է: (2002)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
‌: Michael M. Hoffman, և այլն
Հրապարակվել է: (2012)

FM-test: a fuzzy-set-theory-based approach to differential gene expression data analysis
‌: Liang, Lily R, և այլն
Հրապարակվել է: (2006)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
‌: Xiang, Guanjue, և այլն
Հրապարակվել է: (2020)

S3norm: simultaneous normalization of sequencing depth and signal-to-noise ratio in epigenomic data
‌: Guanjue Xiang, և այլն
Հրապարակվել է: (2020)

Occupancy by key transcription factors is a more accurate predictor of enhancer activity than histone modifications or chromatin accessibility
‌: Nergiz Doğan, և այլն
Հրապարակվել է: (2015)

Integrative annotation of chromatin elements from ENCODE data
‌: Hoffman, Michael M., և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

Pseudomonas aeruginosa Suppresses Host Immunity by Activating the DAF-2 Insulin-Like Signaling Pathway in Caenorhabditis elegans
‌: Evans, Eric A., և այլն
Հրապարակվել է: (2008)

S3V2-IDEAS: a package for normalizing, denoising and integrating epigenomic datasets across different cell types
‌: Xiang, Guanjue, և այլն
Հրապարակվել է: (2021)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
‌: Kelley, Joanna L., և այլն
Հրապարակվել է: (2016)

Mechanisms Underlying Adaptation to Life in Hydrogen Sulfide–Rich Environments
‌: Joanna L. Kelley, և այլն
Հրապարակվել է: (2016)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
‌: Cochran, Kelly, և այլն
Հրապարակվել է: (2022)

Domain-adaptive neural networks improve cross-species prediction of transcription factor binding
‌: Kelly Cochran, և այլն
Հրապարակվել է: (2022)

Pleiotropic Roles of a Ribosomal Protein in Dictyostelium discoideum
‌: Amarnath, Smita, և այլն
Հրապարակվել է: (2012)

Limits of sequence and functional conservation
‌: Pennacchio, Len A., և այլն
Հրապարակվել է: (2010)

GALA, a Database for Genomic Sequence Alignments and Annotations
‌: Giardine, Belinda, և այլն
Հրապարակվել է: (2003)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
‌: Li, Jingjing, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

TNFAIP8 promotes prostate cancer cell survival by inducing autophagy
‌: Niture, Suryakant, և այլն
Հրապարակվել է: (2018)

Enhancer identification through comparative genomics
‌: Axel Visel, և այլն
Հրապարակվել է: (2007)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
‌: Euskirchen, Ghia, և այլն
Հրապարակվել է: (2012)

SWI/SNF Chromatin-remodeling Factors: Multiscale Analyses and Diverse Functions
‌: Ghia Euskirchen, և այլն
Հրապարակվել է: (2012)

Integrated systems analysis reveals a molecular network underlying autism spectrum disorders
‌: Jingjing Li, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Transposable element mediated innovation in gene regulatory landscapes of cells: Re-visiting the ‘gene-battery’ model
‌: Sundaram, Vasavi, և այլն
Հրապարակվել է: (2017)

Transposable elements as a potent source of diverse cis-regulatory sequences in mammalian genomes
‌: Sundaram, Vasavi, և այլն
Հրապարակվել է: (2020)

ChIP-ping the branches of the tree: functional genomics and the evolution of eukaryotic gene regulation
‌: Marinov, Georgi K, և այլն
Հրապարակվել է: (2018)

Regulatory analysis of the C. elegans genome with spatiotemporal resolution
‌: Carlos L. Araya, և այլն
Հրապարակվել է: (2014)

Enhancer Identification through Comparative Genomics
‌: Visel, Axel, և այլն
Հրապարակվել է: (2007)

Genomic views of distant-acting enhancers
‌: Axel Visel, և այլն
Հրապարակվել է: (2009)

Transcriptional Burst Initiation and Polymerase Pause Release Are Key Control Points of Transcriptional Regulation
‌: Caroline Bartman, և այլն
Հրապարակվել է: (2018)

Dynamic Trans-Acting Factor Co-localization in Human Cells
‌: Xie, Dan, և այլն
Հրապարակվել է: (2013)

Systematic evaluation of the impact of ChIP-seq read designs on genome coverage, peak identification, and allele-specific binding detection
‌: Zhang, Qi, և այլն
Հրապարակվել է: (2016)