Rezultaty - Smyth, Gordon K

Camera: a competitive gene set test accounting for inter-gene correlation od Wu, Di, Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Separate-channel analysis of two-channel microarrays: recovering inter-spot information od Smyth, Gordon K, Altman, Naomi S

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Testing significance relative to a fold-change threshold is a TREAT od McCarthy, Davis J., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Optimizing the noise versus bias trade-off for Illumina whole genome expression BeadChips od Shi, Wei, Oshlack, Alicia, Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

The Subread aligner: fast, accurate and scalable read mapping by seed-and-vote od Liao, Yang, Smyth, Gordon K., Shi, Wei

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

De novo detection of differentially bound regions for ChIP-seq data using peaks and windows: controlling error rates correctly od Lun, Aaron T.L., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

diffHic: a Bioconductor package to detect differential genomic interactions in Hi-C data od Lun, Aaron T.L., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

csaw: a Bioconductor package for differential binding analysis of ChIP-seq data using sliding windows od Lun, Aaron T.L., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

The R package Rsubread is easier, faster, cheaper and better for alignment and quantification of RNA sequencing reads od Liao, Yang, Smyth, Gordon K, Shi, Wei

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

From reads to genes to pathways: differential expression analysis of RNA-Seq experiments using Rsubread and the edgeR quasi-likelihood pipeline od Chen, Yunshun, Lun, Aaron T. L., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Microarray background correction: maximum likelihood estimation for the normal–exponential convolution od Silver, Jeremy D., Ritchie, Matthew E., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Differential expression analysis of multifactor RNA-Seq experiments with respect to biological variation od McCarthy, Davis J., Chen, Yunshun, Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Normalization of boutique two-color microarrays with a high proportion of differentially expressed probes od Oshlack, Alicia, Emslie, Dianne, Corcoran, Lynn M, Smyth, Gordon K

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data od Robinson, Mark D., McCarthy, Davis J., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

voom: precision weights unlock linear model analysis tools for RNA-seq read counts od Law, Charity W, Chen, Yunshun, Shi, Wei, Smyth, Gordon K

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Differential methylation analysis of reduced representation bisulfite sequencing experiments using edgeR od Chen, Yunshun, Pal, Bhupinder, Visvader, Jane E., Smyth, Gordon K.

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Proximal genomic localization of STAT1 binding and regulated transcriptional activity od Wormald, Samuel, Hilton, Douglas J, Smyth, Gordon K, Speed, Terence P

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Detection of Gene Expression in an Individual Cell Type within a Cell Mixture Using Microarray Analysis od Bryant, Penelope A., Smyth, Gordon K., Robins-Browne, Roy, Curtis, Nigel

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Gene ontology analysis for RNA-seq: accounting for selection bias od Young, Matthew D, Wakefield, Matthew J, Smyth, Gordon K, Oshlack, Alicia

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe

Technical Variability Is Greater than Biological Variability in a Microarray Experiment but Both Are Outweighed by Changes Induced by Stimulation od Bryant, Penelope A., Smyth, Gordon K., Robins-Browne, Roy, Curtis, Nigel

Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe Dokumenty pełnotekstowe