Kết quả tìm kiếm - Pavel Banáš

Tinh chỉnh kết quả
  1. 1
    Free Energy Landscape of GAGA and UUCG RNA Tetraloops

    Free Energy Landscape of GAGA and UUCG RNA Tetraloops Bằng Sandro Bottaro, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer, Giovanni Bussi

    Được phát hành 2016
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  2. 2
    Protonation States of the Key Active Site Residues and Structural Dynamics of the <i>glmS</i> Riboswitch As Revealed by Molecular Dynamics

    Protonation States of the Key Active Site Residues and Structural Dynamics of the <i>glmS</i> Riboswitch As Revealed by Molecular Dynamics Bằng Pavel Banáš, Nils G. Walter, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Được phát hành 2010
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  3. 3
    Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes

    Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes Bằng Petra Kührová, Vojtěch Mlýnský, Michal Otyepka, Jiřı́ Šponer, Pavel Banáš

    Được phát hành 2023
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  4. 4
    Theoretical studies of RNA catalysis: Hybrid QM/MM methods and their comparison with MD and QM

    Theoretical studies of RNA catalysis: Hybrid QM/MM methods and their comparison with MD and QM Bằng Pavel Banáš, Petr Jurečka, Nils G. Walter, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Được phát hành 2009
    lấy văn bản
    Revisão
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  5. 5
    CAVER: a new tool to explore routes from protein clefts, pockets and cavities

    CAVER: a new tool to explore routes from protein clefts, pockets and cavities Bằng Martin Petřek, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Pavlína Košinová, Jaroslav Koča, Jir̆ı́ Damborský

    Được phát hành 2006
    lấy văn bản lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  6. 6
    Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes

    Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes Bằng Petr Stadlbauer, Petra Kührová, Lukáš Vicherek, Pavel Banáš, Michal Otyepka, Lukáš Trantı́rek, Jiřı́ Šponer

    Được phát hành 2019
    lấy văn bản lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  7. 7
    Fine-Tuning of the AMBER RNA Force Field with a New Term Adjusting Interactions of Terminal Nucleotides

    Fine-Tuning of the AMBER RNA Force Field with a New Term Adjusting Interactions of Terminal Nucleotides Bằng Vojtěch Mlýnský, Petra Kührová, Tomáš Kühr, Michal Otyepka, Giovanni Bussi, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer

    Được phát hành 2020
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  8. 8
    Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations

    Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations Bằng Vojtěch Mlýnský, Petra Kührová, Petr Stadlbauer, Miroslav Krepl, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer

    Được phát hành 2023
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  9. 9
    Comprehensive Assessment of Force-Field Performance in Molecular Dynamics Simulations of DNA/RNA Hybrid Duplexes

    Comprehensive Assessment of Force-Field Performance in Molecular Dynamics Simulations of DNA/RNA Hybrid Duplexes Bằng Barbora Knappeová, Vojtěch Mlýnský, Martin Pykal, Jiřı́ Šponer, Pavel Banáš, Michal Otyepka, Miroslav Krepl

    Được phát hành 2024
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  10. 10
    Extensive Molecular Dynamics Simulations Showing That Canonical G8 and Protonated A38H<sup>+</sup> Forms Are Most Consistent with Crystal Structures of Hairpin Ribozyme

    Extensive Molecular Dynamics Simulations Showing That Canonical G8 and Protonated A38H<sup>+</sup> Forms Are Most Consistent with Crystal Structures of Hairpin Ribozyme Bằng Vojtěch Mlýnský, Pavel Banáš, Daniel Hollas, Kamila Réblová, Nils G. Walter, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Được phát hành 2010
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  11. 11
    Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles

    Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles Bằng Marie Zgarbová, Michal Otyepka, Jiřı́ Šponer, Arnošt Mládek, Pavel Banáš, Thomas E. Cheatham, Petr Jurečka

    Được phát hành 2011
    lấy văn bản lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  12. 12
    Computer Folding of RNA Tetraloops: Identification of Key Force Field Deficiencies

    Computer Folding of RNA Tetraloops: Identification of Key Force Field Deficiencies Bằng Petra Kührová, Robert B. Best, Sandro Bottaro, Giovanni Bussi, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka, Pavel Banáš

    Được phát hành 2016
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  13. 13
    Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations

    Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations Bằng Petr Stadlbauer, Petra Kührová, Pavel Banáš, Jaroslav Koča, Giovanni Bussi, Lukáš Trantı́rek, Michal Otyepka, Jiřı́ Šponer

    Được phát hành 2015
    lấy văn bản lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  14. 14
    Automatic Learning of Hydrogen-Bond Fixes in the AMBER RNA Force Field

    Automatic Learning of Hydrogen-Bond Fixes in the AMBER RNA Force Field Bằng Thorben Fröhlking, Vojtěch Mlýnský, Michal Janeček, Petra Kührová, Miroslav Krepl, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer, Giovanni Bussi

    Được phát hành 2022
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  15. 15
    Can We Ever Develop an Ideal RNA Force Field? Lessons Learned from Simulations of the UUCG RNA Tetraloop and Other Systems

    Can We Ever Develop an Ideal RNA Force Field? Lessons Learned from Simulations of the UUCG RNA Tetraloop and Other Systems Bằng Vojtěch Mlýnský, Petra Kührová, Martin Pykal, Miroslav Krepl, Petr Stadlbauer, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer

    Được phát hành 2025
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  16. 16
    Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations: Stability of UUCG and GNRA Hairpins

    Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations: Stability of UUCG and GNRA Hairpins Bằng Pavel Banáš, Daniel Hollas, Marie Zgarbová, Petr Jurečka, Modesto Orozco, Thomas E. Cheatham, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Được phát hành 2010
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  17. 17
    Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome

    Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome Bằng Jiřı́ Šponer, Pavel Banáš, Petr Jurečka, Marie Zgarbová, Petra Kührová, Marek Havrila, Miroslav Krepl, Petr Stadlbauer, Michal Otyepka

    Được phát hành 2014
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  18. 18
    Anatomy of enzyme channels

    Anatomy of enzyme channels Bằng Lukáš Pravda, Karel Berka, Radka Svobodová Vařeková, David Sehnal, Pavel Banáš, Roman A. Laskowski, Jaroslav Koča, Michal Otyepka

    Được phát hành 2014
    lấy văn bản lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  19. 19
    Folding of guanine quadruplex molecules–funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies

    Folding of guanine quadruplex molecules–funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies Bằng Jiřı́ Šponer, Giovanni Bussi, Petr Stadlbauer, Petra Kührová, Pavel Banáš, Barira Islam, Shozeb Haider, Stephen Neidle, Michal Otyepka

    Được phát hành 2016
    lấy văn bản
    Revisão
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:
  20. 20
    Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different χ Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA

    Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different χ Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA Bằng Miroslav Krepl, Marie Zgarbová, Petr Stadlbauer, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Jaroslav Koča, Thomas E. Cheatham, Petr Jurečka, Jiřı́ Šponer

    Được phát hành 2012
    lấy văn bản
    Artigo
    Lưu vào danh sách
    Đã lưu trong:

Công cụ tìm kiếm: