Որոնման արդյունքները - Pavel Banáš

Հստակեցնել արդյունքները
  1. 1
    Free Energy Landscape of GAGA and UUCG RNA Tetraloops

    Free Energy Landscape of GAGA and UUCG RNA Tetraloops ‌ Sandro Bottaro, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer, Giovanni Bussi

    Հրապարակվել է 2016
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  2. 2
    Protonation States of the Key Active Site Residues and Structural Dynamics of the <i>glmS</i> Riboswitch As Revealed by Molecular Dynamics

    Protonation States of the Key Active Site Residues and Structural Dynamics of the <i>glmS</i> Riboswitch As Revealed by Molecular Dynamics ‌ Pavel Banáš, Nils G. Walter, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Հրապարակվել է 2010
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  3. 3
    Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes

    Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes ‌ Petra Kührová, Vojtěch Mlýnský, Michal Otyepka, Jiřı́ Šponer, Pavel Banáš

    Հրապարակվել է 2023
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  4. 4
    Theoretical studies of RNA catalysis: Hybrid QM/MM methods and their comparison with MD and QM

    Theoretical studies of RNA catalysis: Hybrid QM/MM methods and their comparison with MD and QM ‌ Pavel Banáš, Petr Jurečka, Nils G. Walter, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Հրապարակվել է 2009
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Revisão
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  5. 5
    CAVER: a new tool to explore routes from protein clefts, pockets and cavities

    CAVER: a new tool to explore routes from protein clefts, pockets and cavities ‌ Martin Petřek, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Pavlína Košinová, Jaroslav Koča, Jir̆ı́ Damborský

    Հրապարակվել է 2006
    Ստացեք ամբողջական տեքստը Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  6. 6
    Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes

    Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes ‌ Petr Stadlbauer, Petra Kührová, Lukáš Vicherek, Pavel Banáš, Michal Otyepka, Lukáš Trantı́rek, Jiřı́ Šponer

    Հրապարակվել է 2019
    Ստացեք ամբողջական տեքստը Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  7. 7
    Fine-Tuning of the AMBER RNA Force Field with a New Term Adjusting Interactions of Terminal Nucleotides

    Fine-Tuning of the AMBER RNA Force Field with a New Term Adjusting Interactions of Terminal Nucleotides ‌ Vojtěch Mlýnský, Petra Kührová, Tomáš Kühr, Michal Otyepka, Giovanni Bussi, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer

    Հրապարակվել է 2020
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  8. 8
    Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations

    Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations ‌ Vojtěch Mlýnský, Petra Kührová, Petr Stadlbauer, Miroslav Krepl, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer

    Հրապարակվել է 2023
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  9. 9
    Comprehensive Assessment of Force-Field Performance in Molecular Dynamics Simulations of DNA/RNA Hybrid Duplexes

    Comprehensive Assessment of Force-Field Performance in Molecular Dynamics Simulations of DNA/RNA Hybrid Duplexes ‌ Barbora Knappeová, Vojtěch Mlýnský, Martin Pykal, Jiřı́ Šponer, Pavel Banáš, Michal Otyepka, Miroslav Krepl

    Հրապարակվել է 2024
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  10. 10
    Extensive Molecular Dynamics Simulations Showing That Canonical G8 and Protonated A38H<sup>+</sup> Forms Are Most Consistent with Crystal Structures of Hairpin Ribozyme

    Extensive Molecular Dynamics Simulations Showing That Canonical G8 and Protonated A38H<sup>+</sup> Forms Are Most Consistent with Crystal Structures of Hairpin Ribozyme ‌ Vojtěch Mlýnský, Pavel Banáš, Daniel Hollas, Kamila Réblová, Nils G. Walter, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Հրապարակվել է 2010
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  11. 11
    Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles

    Refinement of the Cornell et al. Nucleic Acids Force Field Based on Reference Quantum Chemical Calculations of Glycosidic Torsion Profiles ‌ Marie Zgarbová, Michal Otyepka, Jiřı́ Šponer, Arnošt Mládek, Pavel Banáš, Thomas E. Cheatham, Petr Jurečka

    Հրապարակվել է 2011
    Ստացեք ամբողջական տեքստը Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  12. 12
    Computer Folding of RNA Tetraloops: Identification of Key Force Field Deficiencies

    Computer Folding of RNA Tetraloops: Identification of Key Force Field Deficiencies ‌ Petra Kührová, Robert B. Best, Sandro Bottaro, Giovanni Bussi, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka, Pavel Banáš

    Հրապարակվել է 2016
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  13. 13
    Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations

    Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations ‌ Petr Stadlbauer, Petra Kührová, Pavel Banáš, Jaroslav Koča, Giovanni Bussi, Lukáš Trantı́rek, Michal Otyepka, Jiřı́ Šponer

    Հրապարակվել է 2015
    Ստացեք ամբողջական տեքստը Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  14. 14
    Automatic Learning of Hydrogen-Bond Fixes in the AMBER RNA Force Field

    Automatic Learning of Hydrogen-Bond Fixes in the AMBER RNA Force Field ‌ Thorben Fröhlking, Vojtěch Mlýnský, Michal Janeček, Petra Kührová, Miroslav Krepl, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer, Giovanni Bussi

    Հրապարակվել է 2022
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  15. 15
    Can We Ever Develop an Ideal RNA Force Field? Lessons Learned from Simulations of the UUCG RNA Tetraloop and Other Systems

    Can We Ever Develop an Ideal RNA Force Field? Lessons Learned from Simulations of the UUCG RNA Tetraloop and Other Systems ‌ Vojtěch Mlýnský, Petra Kührová, Martin Pykal, Miroslav Krepl, Petr Stadlbauer, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Jiřı́ Šponer

    Հրապարակվել է 2025
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  16. 16
    Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations: Stability of UUCG and GNRA Hairpins

    Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations: Stability of UUCG and GNRA Hairpins ‌ Pavel Banáš, Daniel Hollas, Marie Zgarbová, Petr Jurečka, Modesto Orozco, Thomas E. Cheatham, Jiřı́ Šponer, Michal Otyepka

    Հրապարակվել է 2010
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  17. 17
    Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome

    Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome ‌ Jiřı́ Šponer, Pavel Banáš, Petr Jurečka, Marie Zgarbová, Petra Kührová, Marek Havrila, Miroslav Krepl, Petr Stadlbauer, Michal Otyepka

    Հրապարակվել է 2014
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  18. 18
    Anatomy of enzyme channels

    Anatomy of enzyme channels ‌ Lukáš Pravda, Karel Berka, Radka Svobodová Vařeková, David Sehnal, Pavel Banáš, Roman A. Laskowski, Jaroslav Koča, Michal Otyepka

    Հրապարակվել է 2014
    Ստացեք ամբողջական տեքստը Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  19. 19
    Folding of guanine quadruplex molecules–funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies

    Folding of guanine quadruplex molecules–funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies ‌ Jiřı́ Šponer, Giovanni Bussi, Petr Stadlbauer, Petra Kührová, Pavel Banáš, Barira Islam, Shozeb Haider, Stephen Neidle, Michal Otyepka

    Հրապարակվել է 2016
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Revisão
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:
  20. 20
    Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different χ Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA

    Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different χ Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA ‌ Miroslav Krepl, Marie Zgarbová, Petr Stadlbauer, Michal Otyepka, Pavel Banáš, Jaroslav Koča, Thomas E. Cheatham, Petr Jurečka, Jiřı́ Šponer

    Հրապարակվել է 2012
    Ստացեք ամբողջական տեքստը
    Artigo
    Պահել ցուցակում
    Պահպանված է:

Որոնման գործիքներ: