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1

nCoV-2019 sequencing protocol v1 per Josh Quick

Publicat 2020

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2

nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt) v2 per Josh Quick

Publicat 2020

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3

Recurrent SARS-CoV-2 mutations in immunodeficient patients per Samuel Wilkinson, Alex Richter, Anna Casey, Husam Osman, Jeremy Mirza, Joanne Stockton, Josh Quick, Liz Ratcliffe, Natalie Sparks, Nicola Cumley, Radoslaw Poplawski, Samuel M. Nicholls, Beatrix Kele, Kathryn Harris, Thomas P. Peacock, Nicholas J. Loman

Publicat 2022

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Artigo

4

Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads per Miten Jain, Sergey Koren, Josh Quick, AC Rand, TA Sasani, JR Tyson, Andrew D. Beggs, AT Dilthey, IT Fiddes, Sudhakar Malla, Hannah Marriott, KH Miga, Tom Nieto, Justin O’Grady, HE Olsen, BS Pedersen, Arang Rhie, Hollian Richardson, AR Quinlan, TP Snutch, Louise Tee, Benedict Paten, AM Phillippy, JT Simpson, Nicholas J. Loman, Matthew Loose

Publicat 2017

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5

Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads per Miten Jain, Sergey Koren, Karen H. Miga, Josh Quick, Arthur C Rand, Thomas A. Sasani, John R. Tyson, Andrew D. Beggs, Alexander Dilthey, Ian T. Fiddes, Sunir Malla, Hannah Marriott, Tom Nieto, Justin O’Grady, Hugh E. Olsen, Brent S. Pedersen, Arang Rhie, Hollian Richardson, Aaron R. Quinlan, Terrance P. Snutch, Louise Tee, Benedict Paten, Adam M. Phillippy, Jared T. Simpson, Nicholas J. Loman, Matthew Loose

Publicat 2018

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Artigo

6

Multiplex PCR method for MinION and Illumina sequencing of Zika and other virus genomes directly from clinical samples per Josh Quick, Nathan D. Grubaugh, Steven T. Pullan, Ingra Morales Claro, Andrew D. Smith, Karthik Gangavarapu, Glenn Oliveira, Refugio Robles‐Sikisaka, Thomas F. Rogers, Nathan Beutler, Dennis R. Burton, Lia Laura Lewis‐Ximenez, Jaqueline Góes de Jesus, Marta Giovanetti, Sarah C. Hill, Allison Black, Trevor Bedford, Miles W. Carroll, Márcio Roberto Teixeira Nunes, Luíz Carlos Júnior Alcântara, Éster Cerdeira Sabino, Sally A. Baylis, Nuno R. Faria, Matthew Loose, Jared T. Simpson, Oliver G. Pybus, Kristian G. Andersen, Nicholas J. Loman

Publicat 2017

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7

Genomic Sequencing of SARS-CoV-2 in Rwanda: evolution and regional dynamics per Yvan Butera, Enatha Mukantwari, Maria Artesi, Jeanne d’Arc Umuringa, Áine O’Toole, Verity Hill, Stefan Rooke, Samuel L. Hong, Simon Dellicour, Onesphore Majyambere, Sébastien Bontems, Bouchra Boujemla, Josh Quick, Paola Cristina Resende, Nicholas J. Loman, Esperance Umumararungu, Alice Kabanda, Marylin Milumbu Murindahabi, Patrick Tuyisenge, Misbah Gashegu, Jean Paul Rwabihama, Reuben Sindayiheba, Djordje Gikic, Jacob Souopgui, Wilfred Ndifon, Robert Rutayisire, Swaibu Gatare, Tharcisse Mpunga, Daniel Ngamije, Vincent Bours, Andrew Rambaut, Sabin Nsanzimana, Guy Baele, Keith Durkin, Léon Mutesa, Nadine Rujeni

Publicat 2021

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8

Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China per Jing Lu, Louis du Plessis, Zhe Liu, Verity Hill, Min Kang, Huifang Lin, Jiufeng Sun, Sarah François, Moritz U. G. Kraemer, Nuno R. Faria, John T. McCrone, Jinju Peng, Qianling Xiong, Runyu Yuan, Lilian Zeng, Pingping Zhou, Chumin Liang, Lina Yi, Jun Liu, Jianpeng Xiao, Jianxiong Hu, Tao Liu, Wenjun Ma, Wei Li, Juan Su, Huanying Zheng, Bo Peng, Shisong Fang, Wenzhe Su, Kuibiao Li, Ruilin Sun, Ru Bai, Xi Tang, Min-Feng Liang, Josh Quick, Tie Song, Andrew Rambaut, Nicholas J. Loman, Jayna Raghwani, Oliver G. Pybus, Changwen Ke

Publicat 2020

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Artigo

9

Treatment of COVID-19 with remdesivir in the absence of humoral immunity: a case report per Matthew Buckland, James Galloway, Caoimhe Nic Fhogartaigh, Luke W. Meredith, Nicholas M. Provine, Stuart Bloor, Ane Ogbe, Wioleta M. Zelek, Anna Smielewska, Anna Yakovleva, Tiffeney Mann, Laura Bergamaschi, Lorinda Turner, Frederica Mescia, Erik J. M. Toonen, Carl-Philipp Hackstein, Hossain Delowar Akther, Vinícius Vieira, Lourdes Ceron‐Gutierrez, Jimstan Periselneris, Sorena Kiani‐Alikhan, Sofia Grigoriadou, Devan Vaghela, Sara Lear, M. Estée Török, William L. Hamilton, Joanne Stockton, Josh Quick, Peter H. Nelson, Michael Hunter, Tanya Coulter, Lisa Devlin, John R. Bradley, Kenneth G. C. Smith, Willem H. Ouwehand, Lise J Estcourt, Heli Harvala, David J. Roberts, Ian B. Wilkinson, Nick Screaton, Nicholas J. Loman, Rainer Döffinger, Paul Lyons, B. Paul Morgan, Ian Goodfellow, Paul Klenerman, Paul J. Lehner, Nicholas J. Matheson, James Thaventhiran

Publicat 2020

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Artigo

10

Chikungunya virus outbreak in the Amazon region: replacement of the Asian genotype by an ECSA lineage per Felipe Gomes Naveca, Ingra Morales Claro, Marta Giovanetti, Jaqueline Góes de Jesus, Joilson Xavier, Felipe Campos de Melo Iani, Valdinete Alves do Nascimento, Victor Costa de Souza, Paola Paz Silveira, José Lourenço, Mauricio Santillana, Moritz U. G. Kraemer, Josh Quick, Sarah C. Hill, Julien Thézé, Rodrigo Dias de Oliveira Carvalho, Vasco Azevedo, Flavia Cristina da Silva Sales, Márcio Roberto Teixeira Nunes, Poliana da Silva Lemos, Darlan da Silva Cândido, Glauco de Carvalho Pereira, Marluce Aparecida Assunção Oliveira, Cátia Alexandra Ribeiro Meneses, Rodrigo Melo Maito, Claudeth Rocha Santa Brígida Cunha, Daniela Palha de Sousa Campos, Márcia da Costa Castilho, Thalita Caroline da Silva Siqueira, Tiza Matos Terra, Carlos F. Campelo de Albuquerque, Laura N. Cruz, Andre Luis Abreu, Divino Valerio Martins, Daniele Silva de Moraes Vanlume Simoes, Renato Santana Aguiar, Sérgio Luíz Bessa Luz, Nicholas J. Loman, Oliver G. Pybus, Éster Cerdeira Sabino, Osnei Okumoto, Luíz Carlos Júnior Alcântara, Nuno R. Faria

Publicat 2018

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11

Genomic, epidemiological and digital surveillance of Chikungunya virus in the Brazilian Amazon per Felipe Gomes Naveca, Ingra Morales Claro, Marta Giovanetti, Jaqueline Góes de Jesus, Joilson Xavier, Felipe Campos de Melo Iani, Valdinete Alves do Nascimento, Victor Costa de Souza, Paola Paz Silveira, José Lourenço, Mauricio Santillana, Moritz U. G. Kraemer, Josh Quick, Sarah C. Hill, Julien Thézé, Rodrigo Dias de Oliveira Carvalho, Vasco Azevedo, Flavia Cristina da Silva Sales, Márcio Roberto Teixeira Nunes, Poliana da Silva Lemos, Darlan da Silva Cândido, Glauco de Carvalho Pereira, Marluce Aparecida Assunção Oliveira, Cátia Alexandra Ribeiro Meneses, Rodrigo Melo Maito, Claudeth Rocha Santa Brígida Cunha, Daniela Palha de Sousa Campos, Márcia da Costa Castilho, Thalita Caroline da Silva Siqueira, Tiza Matos Terra, Carlos F. Campelo de Albuquerque, Laura N. Cruz, André Luiz de Abreu, Divino Valerio Martins, Daniele Silva de Moraes Vanlume Simoes, Renato Santana Aguiar, Sérgio Luíz Bessa Luz, Nicholas J. Loman, Oliver G. Pybus, Éster Cerdeira Sabino, Osnei Okumoto, Luíz Carlos Júnior Alcântara, Nuno R. Faria

Publicat 2019

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Artigo

12

Establishment and cryptic transmission of Zika virus in Brazil and the Americas per Nuno R. Faria, Josh Quick, Ingra Morales Claro, Julien Thézé, Jhennifer Guimarães Lourenço de Jesus, Marta Giovanetti, Moritz U. G. Kraemer, Sarah C. Hill, Allison Black, Antônio Charlys da Costa, L.C. Junqueira Franco, Serena Pocas Moreno Silva, Chieh‐Hsi Wu, Jayna Raghwani, Simon Cauchemez, Louis du Plessis, Mariana Pastorello Verotti, W. K. de Oliveira, Eduardo Hage Carmo, Giovanini Evelim Coelho, A. C. F. S. Santelli, Livia Vinhal, Cláudio Maierovitch Pessanha Henriques, Jared T. Simpson, Matthew Loose, Kristian G. Andersen, Nathan D. Grubaugh, Sneha Somasekar, Charles Y. Chiu, José Esteban Muñoz‐Medina, César González-Bonilla, Carlos F. Arias, Lia Laura Lewis‐Ximenez, Sally A. Baylis, Alexandre Chieppe, Shirlei Ferreira de Aguiar, Carlos Augusto Fernandes, P. S. Lemos, Bruna Laís Sena do Nascimento, H. A. O Monteiro, Isadora Cristina de Siqueira, Maria Gabriela de Queiroz, Themis Rocha de Souza, João Felipe Bezerra, Marisa Lemos, G. F. Pereira, D. Loudal, Lúcia Cristina Corrêa Moura, Rafael Dhália, R. F. França, Tereza Magalhães, Ernesto T. A. Marques, Thomas Jaenisch, Gabriel Luz Wallau, Magliones Carneiro de Lima, Valdinete Alves do Nascimento, Erenilde Marques de Cerqueira, Maricélia Maia de Lima, D. L. Mascarenhas, José Pereira de Moura Neto, Anna S. Levin, Tânia Regina Tozetto‐Mendoza, Sílvia Nunes Szente Fonseca, Maria Cássia Mendes-Corrêa, Flavio Augusto de Pádua Milagres, Aluísio Augusto Cotrim Segurado, Edward C. Holmes, Andrew Rambaut, Trevor Bedford, Márcio Roberto Teixeira Nunes, Éster Cerdeira Sabino, Luíz Carlos Júnior Alcântara, Nicholas J. Loman, Oliver G. Pybus

Publicat 2017

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Artigo

13

Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential per Nuno R. Faria, Moritz U. G. Kraemer, Sarah C. Hill, Jaqueline Góes de Jesus, Renato Santana Aguiar, Felipe Campos de Melo Iani, Joilson Xavier, Josh Quick, Louis du Plessis, Simon Dellicour, Julien Thézé, Rodrigo Dias de Oliveira Carvalho, Guy Baele, Chieh‐Hsi Wu, Paola Paz Silveira, Mônica Arruda, Mariza Pereira, G. C. Pereira, José Lourenço, Uri Obolski, Leandro Abade, Tetyana I. Vasylyeva, Marta Giovanetti, Dong‐Keun Yi, D. J. Weiss, William Wint, Freya M. Shearer, Sebastian Funk, Birgit Nikolay, Vagner Fonseca, Talita Adelino, Marluce Aparecida Assunção Oliveira, Marcos Vinícius Ferreira Silva, Lívia Sacchetto, P. O. Figueiredo, Izabela Maurício de Rezende, Érica Munhoz de Mello, Rana Said, D. A. Santos, Marcela Lencine Ferraz, Mariana Gontijo de Brito, L. F. Santana, Mariane Talon de Menezes, Rodrigo Brindeiro, Amílcar Tanuri, Fabiana Cristina Pereira dos Santos, Mariana Sequetin Cunha, Juliana Silva Nogueira, Iray Maria Rocco, Antônio Charlys da Costa, Shirley Vasconcelos Komninakis, Vasco Azevedo, Alexandre Chieppe, Eliane Saraiva Machado de Araújo, Marcos César Lima de Mendonça, C. C. dos Santos, Chagas Dos Santos, A. M. Mares-Guia, Rita Maria Ribeiro Nogueira, Patrícia Carvalho de Sequeira, Ricardo Gadelha de Abreu, M. H. O. Garcia, André Luiz de Abreu, Osnei Okumoto, Erna Geessien Kroon, Carlos F. Campelo de Albuquerque, Kuiama Lewandowski, Steven T. Pullan, Miles W. Carroll, Túlio de Oliveira, Éster Cerdeira Sabino, Renato Pereira de Souza, Marc A. Suchard, Philippe Lemey, G. S. Trindade, Betânia Paiva Drumond, Ana María Bispo de Filippis, Nicholas J. Loman, Simon Cauchemez, Luíz Carlos Júnior Alcântara, Oliver G. Pybus

Publicat 2018

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Artigo

14

Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential per Nuno R. Faria, Moritz U. G. Kraemer, Sarah C. Hill, Goes de Jesus J., de Aguiar R. S., Felipe Campos de Melo Iani, Joilson Xavier, Josh Quick, Louis du Plessis, Simon Dellicour, Julien Thézé, Rodrigo Dias de Oliveira Carvalho, Guy Baele, Hongxun Wu, Paola Paz Silveira, Mônica Arruda, Mariza Pereira, G. C. Pereira, José Lourenço, Uri Obolski, Leandro Abade, Tetyana I. Vasylyeva, Marta Giovanetti, Yi Dai, Weiss D.J., William Wint, Freya M. Shearer, Sebastian Funk, Bryan C. Nikolai, Talita Adelino, Marluce Aparecida Assunção Oliveira, Marcos Vinícius Ferreira Silva, Lívia Sacchetto, P. O. Figueiredo, Izabela Maurício de Rezende, Érica Munhoz de Mello, Rana Said, D. A. Santos, Marcela Lencine Ferraz, Mariana Gontijo de Brito, L. F. Santana, Mariane Talon de Menezes, Rodrigo Brindeiro, Amílcar Tanuri, dos Santos F. C. P., Mariana Sequetin Cunha, Juliana Silva Nogueira, Iray Maria Rocco, da Costa A. C., Shirley Vasconcelos Komninakis, Vasco Azevedo, Alexandre Chieppe, Eliane Saraiva Machado de Araújo, Marcos César Lima de Mendonça, dos Santos C. C., dos Santos C. D., A. M. Mares-Guia, Rita Maria Ribeiro Nogueira, Patrícia Carvalho de Sequeira, Ricardo Gadelha de Abreu, M. H. O. Garcia, Renato Vieira Alves, André Luiz de Abreu, Osnei Okumoto, Erna Geessien Kroon, de Albuquerque C. F. C., Kuiama Lewandowski, Steven T. Pullan, Miles W. Carroll, Éster Cerdeira Sabino, Renato Pereira de Souza, Marc A. Suchard, Philippe Lemey, G. S. Trindade, Betânia Paiva Drumond, Ana María Bispo de Filippis, Nicholas J. Loman, Simon Cauchemez, Luíz Carlos Júnior Alcântara, Oliver G. Pybus

Publicat 2018

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